Ma la fisionomia di una vera e propria città, della Venezia che oggi conosciamo, inizia a delinearsi solo agli inizi del secolo IX, quando si decide il trasferimento di Malamocco a Rialto. È l’anno 809. Una grave minaccia si addensa sulle popolazioni della laguna. Pipino, re d’Italia, si accinge a conquistare con una grande armata questo ultimo lembo dell’impero bizantino.
I veneziani riempiono le chiese e implorano la misericordia di Dio; chiedono aiuti  a Costantinopoli; chiudono i canali con palafitte, pietre, vascelli affondati.
Per confondere le idee agli invasori, tolgono i segni che indicano la profondità dei canali. Intanto Pipino si avvicina alla laguna, con una grande flotta; conquista Caorle, Eraclea e Jesolo; poi, con una manovra a tenaglia investe Cavarzere, Loreo, Brondolo, Chioggia e Pellestrina e giunge in vista di Malamocco.
Il Doge, Angelo Partecipazio, riunisce gli uomini a consiglio e propone di trasferire la sede del governo “nel luogo di Rivolto”. Rialto era allora un’isola poco abitata e di scarsa importanza. Ma, con le isole intorno, costituiva in quel tempo il luogo più sicuro della laguna.
Accanto a Rialto vi era, coperta di macchie di bosco, Scopulo, che significa scoglio, e che doveva essere solida ed elevata. È l’attuale Dorsoduro. Uno spazio di terra paludoso era chiamato Canalecto o Canaledo – l’attuale Cannaregio – perché coperto di canneti. All’estrema punta era una delle isole più grandi, chiamata Olivolo, forse, perché ricca di olivi, l’attuale quartiere di Castello. Un largo canale, detto Vigano, divideva dalle altre l’isola di Spinalonga, divenuta, poi, Giudecca.

La scelta di Rialto come sede del governo fu determinata soprattutto da ragioni di sicurezza. Ci si rende conto di quanto fosse complessa la struttura lagunare intorno a Rialto e come fosse praticamente impossibile a una grossa flotta nemica orientarsi nel dedalo dei canali, delle paludi, dei boschi e dei canneti.
Il primo nucleo importante di abitanti a Rialto deve risalire al secolo VI, quando il generale bizantino Narsete, fosse per premiare la fedeltà dei realtini, fece erigere le chiese di San Teodoro e San Geminiano nel “brolo” del convento di San Zaccaria, vale a dire l’attuale piazza San Marco. Agli inizi del secolo IX le isole realtine ospitavano circa 10.000 abitanti e una dozzina di parrocchie. Ogni parrocchia costituiva un nucleo a sé. Le case si schieravano ai lati della chiesa e formavano una comunità autonoma e autosufficiente, con piazza, scali, sagrato e cimitero in comune. L’economia era di tipo familiare, comune nel Medioevo, basata sulla pesca e sull’agricoltura.
I nuovi insediamenti si sviluppano su due direttrici fondamentali: verso la riva di Rialto sul Canal Grande, vale a dire sul Rio dei Santi Apostoli (direttrice di Murano e Torcello)  e sul Rio di Palazzo della Guerra, della Fava e del Fontego  dei Tedeschi (direttrice del Lido e Malamocco).

I nuovi arrivati  rispettarono i nuclei già esistenti e vi si costituirono accanto, secondo lo stesso schema.
Piccole comunità intorno alla chiesa. La crescita di Venezia nei primi secoli è, quindi, una giustapposizione di comunità autonome. L’espansione della città si può misurare dall’aumento del numero delle parrocchie che da sedici, nel secolo IX, salirono a cinquantanove, nell’XI.
Rialto diveniva la capitale di uno Stato che, seppure con legami più federali che unitari, si estendeva da Grado a Cavarzere, aveva domini sulla sponda dalmata e già si era affermato per le virtù militari e l’abilità commerciale. Si dovevano creare tutte le strutture della capitale, il palazzo del Doge e della sua corte, gli edifici per le magistrature, i funzionari, i comandi militari e, inoltre, arsenali, magazzini, cantieri.

Non sono rimasti documenti sulla fisionomia di Venezia tra il secolo IX e il X. Da quello che sappiamo, doveva avere l’aspetto di una città di pionieri e di soldati. Le esigenze della difesa furono predominanti. Piazza San Marco era protetta da una cinta di alte mura merlate. Era molto diversa da quella che conosciamo. Un ampio terreno sabbioso, diviso a metà da un corso d’acqua, il Rio Batario, la occupava interamente. Il “brolo”, così era chiamato il terreno, apparteneva al monastero di San Zaccaria.